1、飞逝的巨礁：1866年起，出现了一件大怪事。海洋中发现一个庞然大物，就像飞逝的巨礁，多艘航船莫名其妙的被撞裂了。公众坚决要求把着头怪物从海洋里清除掉。
2、赞成与反对：对怪物主要有两派看法，一派认为是一种力大无穷的怪物，另一派则认为是一艘动力强大的“海下船”。我(法国巴黎自然史博物馆教授阿龙纳斯)认为，怪物是一种力量大得惊人的“独角鲸”。美国海军部组织了一艘名为亚伯拉罕.林肯号的快速驱逐舰，准备去清除“怪物”。我应邀随行。
3、随先生尊便：我的仆人康塞尔不假思索的说：“随先生尊便。”跟我一同上了以法拉格特为舰长的亚伯拉罕·林肯号驱逐舰。驱逐舰从布鲁克林码头扬帆起锚，向大西洋全速前进。
4、尼德·兰：亚伯拉罕.林肯号有装备精良的捕捉器具。舰长和全体海员同仇敌忾，决心一定要捕获独角鲸。只有加拿大人捕鲸手尼德·兰对独角鲸的存在表示怀疑。
5、向冒险迎去：舰只在太平洋上游弋。大家的眼睛睁得大大的，努力地观察海面。三个月过去了，海员们开始泄气了，开始怀疑自己这次搜寻行动的意义。半年后，海员们要求返航。舰长许诺最后搜寻三天，三天后如果还无结果就将回去。到了规定期限的最后时刻，一向无动于衷的尼德·兰突然喊叫起来，他发现了“怪物”。
6、全速前进：林肯号企图捕获独角鲸，而独角鲸却若无其事地同林肯号捉迷藏。大炮也无法击中它。经过一夜一天的追逐周旋，到第二天晚上，双方形成对峙。当林肯号向独角鲸发起进攻时，独角鲸却突然熄灭电光，向林肯号喷射大水。林肯号遭遇了灭顶之灾。
7、不知其种属的鲸鱼：“我”被抛入海里，与康塞尔在海中相依为命。正当筋疲力尽就要沉入海底时，被躲在独角鲸背上的尼德·兰拉出水面。尼德·兰说，这怪物不是鲸，是钢制的。“我”这才断定它是一艘潜水艇。我们在艇顶苟延残喘。天亮时，艇盖掀开，八个壮汉出来，把我们拖进艇里去。
8、动中之动：我们三人被关进一间神秘的黑屋子。半小时后，突然眼前一亮，进来两个人。我们用法语、英语、德语和拉丁文进行自我介绍，对方均无反应。他们走了，侍者送来衣服和食物，我们饱餐后就进入了梦乡。
9、尼德·兰的怒火：潜水艇浮出海面更换新鲜的空气。三人仍被关在铁屋子里，尼德·兰怒气冲天，他想逃跑，又想夺取这条艇。一个侍者进来时，被他出其不意地打倒在地掐得半死。这时候，一个说法语的人出现了。
10、海洋人：讲法语的就是这艘鹦鹉螺号潜水艇上的尼摩(意为“不存在的人”)艇长。他说第一次见面保持沉默是为了了解我们，其实那四种语言他都听的懂。他要我们听从他的命令，享受环游海底世界和做科学研究合作伙伴的快乐，否则将置我们于死地。尼摩船长说，他们的衣食用都取自海洋，他热爱海洋，海洋中没有争斗、厮杀和独裁。
11、鹦鹉螺号：尼摩船长带我们参观“鹦鹉螺号”上有12000册藏书的图书室，给我抽用海藻制成的雪茄，观赏他收集的名画、乐谱、海洋动物标本，又看了他为我准备的雅致的房间以及他自己住的简陋的房间。
12、一切都用电：尼摩船长给我们介绍房间里各种仪表的用途，如何开采海底矿藏，如何发电，如何提供空气，又介绍一只小艇的用途，还带我参观了厨房。
13、几组数字：尼摩船长向我介绍潜水艇的概况、构造、动力、发光、建造过程等。诺第留斯号造价昂贵，达到200万法郎，尼摩船长拥有富可敌国的财富。
14、黑潮：海底探险旅行正式开始。潜艇在海面以下五十米深处穿越黑水流。我和两位同伴尽情观赏形态美丽、活泼可爱的鱼儿。
15、一封邀请信：尼摩船长给我一封邀请信，请我到海底森林打猎。“我”提出了一系列的问题。诸如如何行动自由，如何呼吸，如何照明，用什么样的狩猎**等。
16、漫步海底平原：我和康塞尔穿上防水衣服随尼摩船长漫步海底平原，欣赏海洋奇物。 接近中午时分，我们终于到了克利斯波岛森林。
17、海底森林：我们来到海底森林。仔细观察海底生物。还在海底睡了几个钟头。来到克雷斯波岛的海底绝壁，遇到巨形海蜘蛛，打到一只海獭，躲过了角鲨的侵袭。
18、太平洋下四千米：潜艇在太平洋下穿行，令人大开眼界。一天，看到一条沉没没多久的船，凄惨的海难情景令人惊悚。
19、瓦尼可罗群岛：尼摩船长从瓦尼可罗群岛海底遗物中揭开在十八世纪末两艘法国探险船只失踪的真相。
20、托雷斯海峡：潜艇经由地球上最危险的海峡——托雷斯海峡前往印度洋，中途触礁搁浅。经艇长同意，我和两位同伴坐小艇上格波罗尔岛去。尼德·兰表现出对陆地食物的强烈渴望。
21、陆上几日：我和两位伙伴一起上小岛采摘野果、狩猎，捉到一只被豆蔻汁给迷醉的极乐鸟。
22、尼摩船长的闪电：巴布亚的土著人发现了我们，他们追赶到沙滩，后来还划来独木舟围住鹦鹉螺号，企图向我们发起进攻。尼摩船长将电通到艇外壳，土著人触电后吓得魂飞魄散退走了。鹦鹉螺号被涨起来的海潮托起，离开了珊瑚石床，时间正如艇长所预料的分毫不差。
23、强制性睡眠：潜艇在印度洋行驶。尼摩船长对不同深度的海水温度进行测量，发现水下一千米以下的海水是恒温的。我们目睹了有趣的一幕：海面上磷光闪烁，把大海照得如同白昼，原来是一些小水母球发光造成的。有一天，尼摩船长突然下令将我们关起来，并强制我们睡眠。
24、珊瑚王国：第二天，表情忧伤的尼摩船长请求“我”给船员治病，艇长带我们来到五彩缤纷的珊瑚王国，把一位因伤而死的艇员安葬在珊瑚墓园里，不受鲨鱼和人类的侵扰。
25、印度洋：鹦鹉螺号在印度洋穿行，我们看到了奇林岛，看到了“船蛸”，在孟加拉湾漂浮着无数的尸体，还看到了一望无垠的“牛奶海”。
26、尼摩船长的新建议：尼摩船长提议带我们参观锡兰岛的采珠场。艇长给我们介绍原始的采珠法，采珠人悲惨的生活，并且说路上可能捕杀到角鲨。
27、一颗价值千万的珍珠：船长带我们观看一颗大如椰子的珍珠。一个采珠人正辛苦地采珠，突然一头大角鲨向他发起进攻，艇长舍身相救，与巨鲨展开殊死搏斗。正当艇长危在旦夕时，尼德·兰一叉刺中鲨鱼要害。艇长把采珠人救到小船上，并赠送一袋小珍珠。
28、红海：鹦鹉螺号在红海上劈波斩浪。尼摩船长跟我介绍红海得名的原因和他发现从红海通往地中海的地下通道“阿拉伯隧道”的经过。
29、阿拉伯隧道：尼德·兰在红海上用捕鲸叉勇敢地击杀庞大的儒艮。尼摩船长亲自指挥，潜水艇顺利穿过苏伊士地峡。
30、希腊群岛：在地中海底，尼德·兰提出逃离诺第留斯号的设想，“我”劝他耐心等待时机。尼摩船长把大量的黄金赠送给一个潜水员。鹦鹉螺号来到桑多林岛附近，我目睹了海底火山喷发的壮观奇景。
31、地中海上的四十八小时：鹦鹉螺号在地中海底穿行，我看到许多的遇难船只的残骸静卧在那里，惨不忍睹。
32、维哥湾：潜艇正沿着葡萄牙海岸行驶，尼德·兰做好了潜逃的准备，敦促我逃跑，我心里很矛盾，很不安。潜艇在维哥湾停了下来，艇长给我讲述1702年西班牙船只被英国海军战败沉没的历史，他命令艇员潜水搬取当年沉船上数不尽的金银珍宝，“我”弄清了尼摩船长富可敌国的原因。
33、失踪的大陆：潜艇背向欧洲驶去，离大陆越来越远，我们失去了一次逃跑的机会。尼摩船长带我在夜间到三百米深的大西洋底去参观柏拉图笔下的大西洋城——亚特兰蒂斯。
34、海底煤矿：康塞尔对鱼类的分类学知识感兴趣，潜艇来到一个已经熄灭了的火山中心取燃料，“我”和同伴出去游览了一通，见到了久违的陆地动植物。
35、马尾藻海：潜艇来到马尾藻海。为了观察深海鱼类的存活状况，诺第留斯号下潜到海底一万六千米的深度，面对眼前的奇异景象，尼摩船长用拍照的方式留作永久的记忆。
36、抹香鲸和长须鲸：鹦鹉螺号驶向南大西洋海域，海面上出现了一群长须鲸，捕鲸手尼德·兰向艇长请求让他去捕杀，却被艇长劝住了。艇长说，人类不应该滥杀这种善良无害的动物。不一会儿，来了一大群长须鲸的天敌——抹香鲸，鹦鹉螺号为了保护长须鲸狠狠地冲杀抹香鲸。
37、大冰盖：诺第留斯号开往终年积雪结冰的南极圈，在地磁作用下，诺第留斯号的仪表失灵。诺第留斯号被冰川卡住了，“我”和尼摩船长决定，采用先下潜，再上浮的方式突围，冲撞大冰盖，浮出水面。
38、南极：我和尼摩船长登上南极大陆，观察到南极特有的美丽景观。欣赏企鹅、海豹、海象等。尼摩船长在南极土地上插上旗帜，证明自己南极第一人的所有权。
39、大事故还是小插曲：潜艇在驶离南极时，被一大块倒下来的冰块砸到了，右舷倾斜歪到了，尼摩船长想办法让潜艇立了起来。不久，诺第留斯号出现第二次险情，冰山翻转，撞上诺第留斯号，堵住了所有的出口。
40、缺氧：潜艇四周都围着厚厚的冰墙。艇长镇定自若地指挥大家轮班开凿冰墙，喷射沸水阻止新的结冰。艇内极度缺氧，但秩序井然。尼摩船长让诺第留斯号用自身的重量来回冲撞，冲破冰层，呼吸到了新鲜的空气。
41、从合恩角到亚马逊河：“我”对舍己为人的康塞尔和尼德·兰充满感激之情。潜艇从大西洋往北，看到了变形水母，看到了奇特的海牛，沿着南美洲的曲折海岸行驶，在亚马逊河口，我们用鱼作饵来钓海龟。
42、章鱼：潜艇来到巴哈马群岛附近，突然围上一群大章鱼。章鱼缠住螺旋桨，潜艇动弹不得。在艇顶平台上，人和章鱼展开了激烈的搏斗。在生死关头，尼摩船长挺身而出救下了处于死亡边沿的尼德·兰。
43、墨西哥湾暖流：尼摩船长为在人鱼大战中牺牲的艇员而哀伤。鹦鹉螺号继续向北，航行在墨西哥湾暖流上。艇长将自己的研究总结用几种不同的语言写成，签上名字，装进一只容器中扔进大海，希望能为人类所得。“我”向他提出离开潜艇的要求遭到拒绝。暴风雨来临，艇长站在艇顶迎接风浪，岿然不动。
44、北纬47°24′，西经17°28′：我们发现了海底电缆，这些电缆铺设不易，保证了电报的顺利到达。诺第留斯号不停地搜寻复仇者号，尼摩船长为“我”讲述复仇者号的历史，并潜入海底凭吊英勇不屈的复仇者号。
45、大**：“我”看清了尼摩船长的真面目，他是一个游弋在海底的复仇者。一艘战舰向潜艇发起攻击，经过几番周旋，诺第留斯号将战舰撞沉，船长获得了一份复仇的快感，“我”对尼摩船长更加没有好感。
46、尼摩船长最后的话：我逃离诺第留斯号前听到他正在静静地忏悔;我们三人利用附在潜艇上的小艇逃跑，可恰在此时，潜艇被卷入了大旋流中，我们的小艇也难逃厄运。
47、尾声：“我”和两个同伴被罗佛丹群岛的渔民救起，我有资格讲述这次让我穿越太平洋、印度洋、红海、地中海、大西洋以及南极和北极海域的环球海底旅行。尼摩船长及其鹦鹉螺号一起下落不明。
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