由于刚刚采摘下的银杏果有一点毒性，所以在吃银杏果之前可以先放入清水中浸泡一小时左右，这样可以去除食物中的毒性。还可以在吃之前把银杏果的胎芽除掉，能让它的毒副作用变弱。
银杏果怎么处理才能吃把银杏果放到微波炉里高温加热能让它带有的毒副作用成份氰苷和银杏果酸的特异性减少，那样再吃银杏果便会安全性许多，基本不容易中毒了。
银杏果常见的做法是蒸着吃、烤着吃或者油炸，由于温度比较高，可以有效杀死银杏果中的毒素。
银杏果尽管含有一定的毒副作用，但它的毒副作用是很弱的，正常情况下不过量食用银杏果是不容易出现食物中毒症状的。
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